Действие этого фильма происходит в 1487 году, семью годами позднее событий, описанных в первом мультфильме. Капитан Фебус (Кевин Клейн) и Эсмеральда (Демми Мур) женаты и уже имели сына по имени Зефирка (Хэйли Джоэл Осмет). Квазимодо (Том Хелс) теперь общается и с людьми, но все также живет в своем соборе с друзьями-гаргулиями: Виктором, Хьюго и Лаверном.
Тем временем, группа жуликов во главе с Сарушем (Майкл Мак Кин), приезжают в городок под видом простого бродячего цирка, желая украсть главный колокол Собора, отделанный внутри драгоценными камешками. Саруш посылает в этот Собор свою верную помощницу Маделейн (Дженнифер Лав Хьюит), но она убегает, испугавшись Квазимодо. И Квазимодо влюбляется в нее. Тогда Саруш велит Маделейн подобраться поближе к Квазимоде и отвлечь его во время похищения колокола. Однако за время общения девушка проникается к нему симпатией. А Фебус подозревает Саруша в воровстве. И Саруш обвиняет в воровстве Маделейн, которая сама не захочет воровать, но вынуждена была делать это.
Маделлейн попытается признаться Квазимодо в содеянном, но не успевает. Этот Колокол похищают, Маделейн сажают в тюрьму. Зефирка, увидев, как Саруш похищает этот колокол, следит за ним и попадет в ловушку. Фебус находит этого Саруша, но тот приказал ему выпустить себя в обмен на жизнь Зефирки. Маделейн спасает Зефирку и признается Квазимодо в своих чувствах. Во время праздников они целуются и орут о своей любви по всему Парижу.