Шэгги и Скуби Ду вместе со своими друзьями отправились в путешествие в пустыню. Неожиданно началась песчаная буря, и героев занесло на засекреченный объект охраняемый правительством - станцию слежения за сигналами из космоса. На территории военных, они обнаружили неопознанный летающий аппарат внеземного происхождения, который парил в воздухе. Шегги и Скуби-Ду пытаются убедить друзей, что видели своими глазами зеленных человечков с паучьими глазами и крючковатыми пальцами. Добравшись до местного кафе, ребята узнают, что информация о существовании в здешнем районе космических тарелок не секрет и даже знакомятся с человеком, которого похищали инопланетяне. Друзья останавливаются на ночь в доме незнакомца, а веселая компания Шегги и Скуби-Ду устраиваются на ночлег под звездным небом. Проснувшись, герои понимаю, что стали жертвами похищения космических пришельцев…